Commune jurassienne de la plaine du Finage, Champdivers est construit sur la rive droite du Doubs, à 14 km au sud de Dole, à 50 km à l'est de Dijon et à 50 km au nord de Chalon-sur-Saône. Située dans une plaine d'alluvions du Doubs, cette plaine du finage est sans relief, à peine boisée et s'étend depuis les abords de Dole jusqu'aux limites des départements de la Cote d'or et de la Saône et Loire.
D'une superficie de 745 hectares et d'une altitude moyenne de 190 mètres, la population au 1er janvier 2015 est de 466 habitants.
Ce village s'est adapté aux différents changements du cours du Doubs et à ses méandres, le Doubs se situant à moins de 500 mètres à vol d'oiseau. Les communes riveraines sont : au nord Tavaux, au sud Peseux, Chaussin et Saint-Baraing, à l'est Rahon et Molay, et à l'ouest Saint-Aubin par l'intermédiaire de la RD 673 (ancienne RN 73) qui va de Besançon à Chalon-sur-Saône.
Le hameau La borde Dame Nicole situé au sud-ouest de la commune, le long de la RD 673, est situé pour moitié sur la commune de Champdivers et sur celle de Saint-Aubin.